慈恩堂位於整個基地的中央，三層樓的建築是園區的焦點也是園區的精神標的，自然環境環抱著建築，建築也以自然的幾何形體回應著環境，在視覺上達到了和諧。
以設計概念發展出極簡又富有禪意的立面造型，建築物本體以玻璃和木材為主要材料，象徵靈魂昇華後與自然的融合，迴廊牆體以多樣性材質做變化，表現生命的多樣性與豐富，提供耐震能力，四周外圍迴廊如護城，有效阻擋烈日陽光照射及雨水滲透櫃位，充分保障各層樓櫃位與設備安全。
建築空間的組織主要以矩形平面為架構，因空間組織單純，地面層1-3都為納骨空間，在以不同需求區分區域，主要以垂直動線串連空間，用迴廊的水平動線增加建築與外在環境的聯繫。
慈恩堂新穎獨特是現代化三層樓建築風格寶塔，有別於傳統八卦式寶塔及宮廷式造型建築，有如一棟別墅矗立園區，外表看來感覺不到存放骨灰骸設施場所，係一棟中型寶塔，櫃位數適中，人文美學設計，契合時下家屬對創新觀感。
基地面積0.9778公頃，興建總計樓地板面積1424.31m，分別：
- 一樓室內樓地板面積313m2、迴廊面積300.52m2合計613.52m2。
- 二樓室內樓地板面積231.98m2、迴廊面積182.28m2合計414.26m2。
- 三樓室內樓地板面積313m2、迴廊面積83.53m2合計396.53m2。